DESAIN PRIMER DAN OPTIMASI METODE POLYMERASE CHAIN REACTION UNTUK DETEKSI GEN blaSHV BAKTERI Klebsiella pneumoniae

Paramita, Ida Ayu Nia (2026) DESAIN PRIMER DAN OPTIMASI METODE POLYMERASE CHAIN REACTION UNTUK DETEKSI GEN blaSHV BAKTERI Klebsiella pneumoniae. Diploma thesis, Poltekkes Kemenkes Denpasar Jurusan Teknologi Laboratorium Medis 2026.

	Text (Skripsi 2026) Halaman Depan.pdf Download (717kB)
	Text (Skripsi 2026) BAB I Pendahuluan.pdf Download (379kB)
	Text (Skripsi 2026) BAB II Tinjauan Pustaka.pdf Download (737kB)
	Text (Skripsi 2026) BAB III Kerangka Konsep.pdf Download (138kB)
	Text (Skripsi 2026) BAB IV Metode Penelitian.pdf Download (456kB)
	Text (Skripsi 2026) BAB V Hasil dan Pembahasan.pdf Restricted to Registered users only Download (754kB)
	Text (Skripsi 2026) BAB VI Simpulan dan Saran.pdf Download (215kB)
	Text (Skripsi 2026) Daftar Pustaka.pdf Download (361kB)
	Text (Skripsi 2026) Lampiran-Lampiran.pdf Restricted to Registered users only Download (1MB)

Abstract

PRIMER DESIGN AND OPTIMIZATION OF POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) METHOD FOR DETECTION OF THE blaSHV GENE IN Klebsiella pneumoniae ABSTRACT Antibiotic resistance mediated by the blaSHV gene in Klebsiella pneumoniae represents a major challenge in bacterial infection management. Therefore, a specific and sensitive molecular detection method is required. This study aimed to design specific primers for the blaSHV gene using an in silico approach and to optimize PCR conditions for its detection. The methods included primer design using NCBI Primer-BLAST, secondary structure analysis with NetPrimer, validation using Benchling and BLAST, and in vitro testing using PCR with DNA extracted by the PCIA method. The results obtained 10 candidate primer pairs with optimal parameters, with primer pair number 10 identified as the best (forward: 5’- TGTCGCTTCTTTACTCGCCT-3’; reverse: 5’-TCTATCATGCCTACGCTGCC- 3’) producing a 184 bp amplicon. PCR optimization revealed an optimal annealing temperature of 59.1°C, producing clear and specific DNA bands. Specificity testing showed amplification only in Klebsiella pneumoniae and not in Escherichia coli. In conclusion, the designed primers demonstrated high specificity, and the optimized PCR conditions effectively detected the blaSHV gene accurately. Keywords: Klebsiella pneumoniae; blaSHV; Primer Design. DESAIN PRIMER DAN OPTIMASI METODE POLYMERASE CHAIN REACTION UNTUK DETEKSI GEN blaSHV BAKTERI Klebsiella pneumoniae ABSTRAK Resistensi antibiotik yang dimediasi oleh gen blaSHV pada Klebsiella pneumoniae menjadi salah satu tantangan utama dalam penanganan infeksi bakteri. Oleh karena itu, diperlukan metode deteksi molekuler yang spesifik dan sensitif. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer spesifik gen blaSHV secara in silico serta mengoptimasi kondisi PCR untuk deteksinya. Metode penelitian meliputi desain primer menggunakan NCBI Primer-BLAST, analisis struktur sekunder dengan NetPrimer, validasi menggunakan Benchling dan BLAST, serta uji in vitro melalui PCR menggunakan DNA hasil ekstraksi metode PCIA. Hasil menunjukkan diperolehnya 10 kandidat primer dengan parameter optimal, dan primer terbaik adalah primer ke-10 (forward: 5’-TGTCGCTTCTTTACTCGCCT-3’; reverse: 5’- TCTATCATGCCTACGCTGCC-3’) dengan produk 184 bp. Optimasi PCR menunjukkan suhu annealing optimal pada 59,1°C dengan pita DNA yang jelas dan spesifik. Uji spesifisitas menunjukkan amplifikasi hanya terjadi pada Klebsiella pneumoniae dan tidak pada Escherichia coli. Disimpulkan bahwa primer yang dirancang memiliki spesifisitas tinggi dan kondisi PCR yang dioptimasi mampu mendeteksi gen blaSHV secara akurat. Kata kunci: Klebsiella pneumonia; blaSHV; desain primer.

Actions (login required)

View Item